动物遗传育种系可追溯至20世纪60年代，由我国动物遗传育种学奠基人吴仲贤教授创建，是我国农科高校第一个动物遗传育种学科，也是我国动物遗传育种学科的发源地。1988年被评为国家重点学科，全国首批设有博士点和首批211工程项目建设学科。 动物遗传育种系主要围绕猪、奶牛、鸡、鸭、绵羊等畜禽物种，开展畜禽遗传资源评估、重要性状遗传机理解析（围绕肉、蛋、奶、抗病育种等性状）、前沿育种技术（包括表型组学、基因组选择、繁殖调控、智能育种）、重大品种培育等研究。系师资力量雄厚，现有5个研究团队，包括分子数量遗传学团队、家禽遗传育种学团队、动物遗传资源与分子育种团队、绵羊遗传育种学团队和动物转基因团队，包括教授（含研究员）13人、副教授（含副研究员）14人、讲师1人、高级畜牧师4人。其中，中国科学院院士1人、国家杰出青年基金获得者2人、国家级教学名师1人、北京市教学名师1人、北京市师德榜样1人、教育部新世纪优秀人才5人、校级讲席教授1人、校级领军教授3人、 校级青年新星3人。本系还有畜禽分子育种技术教育部创新团队1个，国家现代农业产业技术体系首席科学家1人、岗位科学家7人，北京市产业技术体系岗位专家3人。以本系为依托建有畜禽育种国家工程实验室、农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室、畜禽遗传改良北京市重点实验室、畜禽良种产业技术创新战略联盟等。本系科研实力雄厚，承担国家级项目100余项、发表SCI论文1000余篇、出版专著和教材15部、获国家科技进步二等奖或国家技术发明二等奖等奖项共15余项、国际专利2项、国家发明专利100余项。
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