刘剑锋团队在Genomics, Proteomics & Bioinformatics发表猪蛋白组注释图谱研究新进展 | |||||||
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近日,我校动科学院刘剑锋教授团队在家猪蛋白组注释图谱研究取得新进展,研究成果以题为 “Mining Unknown Porcine Protein Isoforms by Tissue-Based Map of Proteome Enhances the Pig Genome Annotation” 在生物学一区杂志《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》(IF:7.051)在线发表,文章内容详见https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022921000358。该研究是国际上首次在家猪进行大规模地蛋白组学研究,将为猪蛋白组学研究奠定关键基础,也是探索未来猪多组学研究重要一步。该研究利用髙分辨率的质谱信息对34个正常组织的杜洛克猪蛋白质组进行了深层次的研究,同时辨析了未知蛋白组的转录组图谱和亚细胞特征,推断它们与组织的特定功能之间的关系。该研究并通过系统地比较猪未知蛋白与其他多种物种的同源关系推断未知蛋白的潜在功能,确保人们更加深入地了解猪未知的蛋白信息。 猪作为中国最重要的家畜之一,不仅为人类提供丰富的动物性蛋白,还是进行重大疾病医学模型以及人体器官移植的重要科学工具。猪的蛋白质图谱包含了主要组织和器官的蛋白质亚细胞定位数据和表达数据,既是生猪育种研究的必要基础也是生物医学模型构建的重要参考。 随着人类编码蛋白质组项目的完成,许多编码基因在RNA和蛋白质水平上得到了注释,这为复杂的人类表型机制解析提供了巨大的机会。然而,在目前的猪基因组中,还没有明确的基因组位置信息以及对应组装的RNA转录本的支持,存在着大量未被识别以及特征未被标注的蛋白质,这对改进猪基因组注释的过程中产生了巨大的障碍。 为了深入有效地构建猪的蛋白组图谱,本研究利用髙分辨率的质谱信息对34个正常组织的猪蛋白质组进行了深层次的分析。将新检测的蛋白质、无基因组信息的蛋白质以及以LOC为标志的蛋白质整合为猪的未知蛋白组,并将它们全部映射到最新的猪基因组以确认它们的基因组位置。研究同时辨析了这些未知蛋白组的猪转录组图谱和亚细胞特征,以推断它们与组织的特定功能之间的联系。最终通过系统地比较猪未知蛋白与其他多种物种的同源关系,推断这些未知蛋白的潜在功能,以确保它们在未来研究中的应用。 本研究不仅完善了猪已知蛋白组信息,同时补充了3000多种新的蛋白质亚基,有效地填补了猪蛋白组信息的空缺,研究结果将有利于猪基因组和蛋白组的研究和发展,将进一步提髙猪生物体中人们所感兴趣的基因和功能网络的认识。 该研究由中国农业大学牵头,西北工业大学、美国农业部肉用动物研究中心和山西农业大学等相关科研人员共同参与完成。我校刘剑锋教授为论文通讯作者、俞英教授和侯卓成教授为共同作者,我校博士后赵鹏举和郑先瑞为论文共同第一作者。 |
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